펩타이드4 [생화학I] 5. 단백질의 2차 구조 (1) 알파 나선 앞선 글에서도 언급했지만 단백질은 1차 구조부터 4차 구조까지 여러 단계로 구성되어 있다. 3차 구조와 4차 구조는 결국 세부적인 2차 구조의 조합과 상호작용으로 구성되기 때문에 2차 구조를 아는게 아주 중요하다고 할 수 있겠다. 그러면 대표적인 2차 구조 중 하나인 알파 나선(Alpha-Helix)에 대해 알아보자. 알파 나선 구조가 뭔지 알아보자알파 나선 구조는 이름 그대로 폴리 펩타이드 사슬이 마치 코일처럼 반복해서 회전하는 구조로 나타나는 것을 말한다. 아래 그림을 보면 대략 알파 나선 구조가 어떤 모습을 보이는지 알 수 있다. 만약 단백질의 구조를 나타낸 그림에서 나선이 발견되면 대부분 이 알파 나선이 있음을 나타낸다. 아래 그림은 이상적인 나선의 예시를 나타낸 것인데 n, p, right-ha.. 2023. 7. 6. [생화학I] 보충설명 (1): 폴리펩타이드에서 φ(Phi)와 ψ(Psi)를 측정하는 방법 앞선 글에서 Ramachandran Plot을 설명하면서 폴리펩타이드에서 φ(Phi)와 ψ(Psi)이 무엇인지를 설명했었다. 그런데 단순하게 언급하고 넘어간 것 만으로는 이해하기 힘든 점들이 꽤 있을 것 같아서 추가적인 글을 작성하였다. 우선 이전 글에서 적었던 글을 간단하게 요약하고 넘어가자. φ(Phi): 알파 탄소와 알파 탄소에 결합된 질소(아미노기에서 유래) 사이의 회전각 ψ(Psi): 알파 탄소와 알파 탄소에 결합된 탄소(카보닐기에서 유래) 사이의 회전각 각도는 시계 방향으로 회전할 때 양수, 반시계 방향으로 회전할 때 음수로 나타낸다 가능한 회전각의 범위는 -180도에서 180도 범위이다. 정의는 단순하다. 그런데 알파 탄소에 결합한 질소와 탄소 그 자체는 회전해도 크게 달라지는 게 없는데 무.. 2023. 7. 4. [생화학I] 4. 펩타이드 결합과 Ramachandran Plot 앞서 배운 아미노산은 단백질을 이루는 기본적인 단위체이다. 아미노산은 다른 아미노산과 펩타이드 결합을 형성함으로써 단백질을 구성한다. 그래서 이번 글에서는 펩타이드 결합이 어떻게 형성되는지, 어떤 특징을 가지는지, 더 나아가서는 Ramachandran Plot이 어떤 의미를 가지는지에 대해서 알아보려고 한다. 펩타이드 결합은 뭔가요? 펩타이드 결합은 한 아미노산의 카복실기와 다른 아미노산의 아미노기 사이에 형성되는 아마이드 공유 결합을 의미한다. 펩타이드 결합을 통해 형성되는 생성물을 펩타이드라고 부르는데, 연결되는 아미노산 단위체(영어 표현인 Residue로도 많이 부른다)의 개수에 따라서 Dipeptide(아미노산이 2개), Tetrapeptide(아미노산이 4개)와 같이 펩타이드에 접두사가 붙기도 .. 2023. 7. 3. [생화학I] 2. 아미노산의 구성과 특징 생명체를 구성하는 4개의 Macromolecule(거대분자)인 탄수화물(Carbohydrate), 단백질(Protein), 지질(Lipid), 핵산(Nucleic acid)은 생명과학을 공부하다보면 다루지 않을 수가 없는 물질들이다. 그 중 단백질에 특히 주목하는 이유는 단백질은 효소를 구성하는 주요 구성요소이기 때문이다. 생명체 내의 물질대사는 효소에 의해 이뤄지고 또 통제되기 때문에 단백질을 모르고서 생화학을 공부하는 건 불가능에 가깝다. 그렇다면 단백질은 뭘로 구성되나요? 단백질의 기본 단위는 아미노산(Amino Acid; 축약어 AA)이다. 아미노산은 탄소를 중심으로 아래에 적혀있는 4개의 그룹이 부착된 형태이다. 이때 네 그룹을 연결하는 중심에 있는 탄소를 알파 탄소라고 부르기도 한다. (알파 .. 2023. 6. 29. 이전 1 다음
